Фамилия Зусев образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от основы, оканчивающейся на мягкий согласный, с помощью патронимического суффикса -ев. Это означает, что в основе лежит личное имя или прозвище Зусь. Вопрос в том, что скрывается за этим коротким словом.

Самая прямая и правдоподобная версия ведёт к еврейскому мужскому имени Зусь. Это имя — уменьшительная или обиходная форма от Зелиг (на идише «благословенный», «счастливый») или от Залман (народная форма имени Соломон). В среде евреев-ашкеназов Восточной Европы имя Зусь было довольно распространено, а на территориях, вошедших в черту оседлости Российской империи, оно давало начало фамилиям Зусев, Зусин, Зусман и другим. Носители фамилии с такой этимологией — потомки людей, чьих отцов звали Зусь.

Есть и другая, менее вероятная, но возможная версия — славянское прозвище. В русских говорах слово «зусь» могло означать «зубоскал», «насмешник» или «остряк» (от глагола «зусить» — язвить, насмехаться). Однако эта гипотеза слаба: в исторических документах и словарях русских прозвищ такое имя не фиксируется как устойчивое, в отличие от многочисленных еврейских антропонимов. Кроме того, суффикс -ев в фамилиях от прозвищ на мягкий согласный встречается реже, чем -ов, что тоже склоняет чашу весов в сторону первой версии.

Географически фамилия Зусев тяготеет к западным и южным губерниям Российской империи — местам компактного проживания еврейского населения. Встречается она и в более поздних советских переписях, но не относится к числу частых. Это фамилия, которая почти наверняка рассказывает о семейной истории, уходящей корнями в местечки и штетлы XIX века, где имя Зусь было не редкостью.