Фамилия Абакулкин образована от имени Абакулка — уменьшительной формы крестильного имени Аввакум. В русском языке имена в бытовом общении часто сокращали, и Аввакум превращался в Аввакулку, а затем, под влиянием акающих говоров, где «о» звучит как «а», — в Абакулку. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Абакулкин буквально значит «сын Абакулки» или «человек из рода Абакулки».

Имя Аввакум древнееврейского происхождения, в переводе означает «обнимающий» или «любящий». В православной традиции это имя связано с библейским пророком Аввакумом, а в истории России XVII века — с протопопом Аввакумом, лидером старообрядчества. Однако фамилия Абакулкин не обязательно указывает на прямую связь с раскольниками: имя было распространённым среди всех слоёв населения, а уменьшительная форма говорит скорее о бытовом, домашнем употреблении.

Суффикс -ин в фамилии Абакулкин — один из самых распространённых в русской ономастике, но в данном случае он присоединён к редкой, нестандартной основе. В отличие от более частых вариантов Абакумов или Абакушин, форма Абакулкин встречается реже и характерна для северных и центральных областей России, где были сильны традиции уменьшительных имён на -ка. Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской и Костромской губерниям, где имя Аввакум бытовало в крестьянской среде.

В социальном плане Абакулкины — скорее всего, потомки свободных крестьян или посадских людей, а не дворян. Дворянские роды редко образовывали фамилии от уменьшительных форм, предпочитая полные имена или отчества на -ов. Поэтому Абакулкин — фамилия демократичная, несущая память о конкретном человеке, которого в семье звали ласково Абакулкой.