Фамилия Аблаканова — женская форма от Аблаканов, а та, в свою очередь, почти наверняка восходит к тюркскому мужскому имени Аблакан. Такая цепочка типична для фамилий, возникших у народов Поволжья, Приуралья, Сибири и Средней Азии, где русская модель на -ов/-ев накладывалась на местные имена.

Имя Аблакан составное. Первая часть, «Абла» — это диалектный или упрощённый вариант арабского имени Абдулла (раб Аллаха) или Абу-ль-... (отец чего-либо). В тюркских языках «абла» могло также означать «старшая сестра» или почтительное обращение к женщине, но в мужском имени это маловероятно. Вторая часть, «кан», с тюркских языков переводится как «кровь», но в именах почти всегда означает «хан, правитель, владыка». Таким образом, Аблакан — это «хан Абла» или «раб хана», то есть имя либо подчёркивало знатное происхождение, либо, наоборот, давалось в знак подчинения и пожелания защиты сильного покровителя.

Суффикс -ов в фамилии Аблаканов (а затем и окончание -а в женской форме) указывает на то, что фамилия оформлялась в русской канцелярской или церковной среде. Это произошло, скорее всего, не раньше XVIII–XIX веков, когда у башкир, татар, казахов или киргизов начали массово фиксировать фамилии по отчеству. Первым носителем фамилии был человек, которого в документах записали как «Аблаканов сын» — то есть сын некоего Аблакана.

Встречается фамилия преимущественно в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях, а также у казахов. Интересно, что в некоторых говорах ударение может смещаться на последний слог (Аблакано́ва), что выдаёт носителей, у которых фамилия не обрусела до конца и сохранила тюркский ритм. Однокоренные фамилии — Аблаев, Абланов, Аблаков — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами, и указывают на другие ветви одного родового гнезда.