Фамилия Афансенко образована от народной формы крестильного имени Афанасий. В переводе с греческого это имя означает «бессмертие», но в быту на Руси оно быстро обрастало сокращёнными вариантами — Афоня, Фаня, а также Афанс. Именно эта усечённая форма и легла в основу фамилии.

Словообразовательная модель здесь типична для украинского и южнорусского ареала: суффикс -енко указывает на происхождение по отцу («сын Афанса»). Такие фамилии массово закреплялись в XVI–XVII веках в среде запорожского казачества и крестьянства на землях современной Украины и прилегающих областей России. Если ваши предки носили фамилию Афансенко, то с высокой вероятностью они были выходцами с Левобережья Днепра или Слобожанщины.

Интересная деталь: в отличие от более распространённых Афанасьевых (с полной формой имени), форма Афанс встречается реже и могла закрепиться как прозвище в конкретной семье, где имя употребляли в быту настолько часто, что оно стало родовым. Это говорит о том, что предки носителя фамилии, скорее всего, не принадлежали к высшим сословиям — в дворянской среде предпочитали полные формы имён для фамилий на -ов.

В ономастических справочниках, например в работах Б. Унбегауна, фамилии на -енко рассматриваются как патронимические, и Афансенко здесь не исключение: она буквально отвечает на вопрос «чей?» — «сын того, кого звали Афанс». Никакой дополнительной символики или мистики в основе нет, только указание на отца.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями: Афанасенко, Афонин, Афонькин — все они восходят к одному источнику, но различаются суффиксами и географией. Афансенко — более редкий вариант, чем Афанасенко, что может указывать на локальное бытование в конкретном селе или волости.