Фамилия Афатова, скорее всего, ведет начало от названия деревни Афатово, расположенной в Тверской губернии. Сам топоним, возможно, восходит к крымско-татарскому слову «афат», которое в переводе означает «гроза». Вполне вероятно, что основатель рода Афатовых был выходцем из этих мест. Согласно другой гипотезе, фамилия Афатов образована от прозвища Афат, в основе которого лежит аналогичное крымско-татарское слово. Исходя из этого, можно предположить, что такое прозвище родители могли дать маленькому ребенку, рожденному во время грозы. Кроме того, прозвище Афат мог получить и взрослый человек. В таком случае оно могло отражать особенности его характера и поведения (энергичность, сила).