Фамилия Афондеркин — редкая и неочевидная по составу. Самое важное, что бросается в глаза: в ней нет типичного русского суффикса принадлежности -ов или -ин, который обычно цепляется к основе. Вместо этого мы видим суффиксальную цепочку -ерк-ин. Модель «основа + -ерк(а) + -ин» в русских фамилиях почти не встречается. Это говорит о том, что перед нами не исконно русская, а скорее адаптированная фамилия, скорее всего, из еврейской среды ашкеназов.

Вероятнее всего, Афондеркин — это русифицированная форма фамилии, образованной от мужского личного имени. В основе лежит имя Афондер, которое представляет собой вариант библейского имени Афендер (искажённое Эфраим или Афраим). В еврейской традиции уменьшительные формы имён часто образовывались с помощью суффикса -ер (как Бер, Герш, Лейзер). Имя Афондер могло означать «маленький Эфраим» или «Эфраимка». Затем к этому имени добавили русский патронимический суффикс -ин, чтобы адаптировать фамилию к русской грамматике: «чей?» — Афондеркин, то есть «сын Афондера».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «афондеря» (в некоторых говорах — «афоня»), что могло быть прозвищем нерасторопного или рассеянного человека. Но эта версия слабее, потому что суффикс -ерк- в русских прозвищах нехарактерен, а фамилия с таким суффиксом не зафиксирована в русских ономастических словарях (например, у Веселовского или Никонова).

Географически фамилия могла появиться в черте оседлости — на территории Украины, Белоруссии или южных губерний России, где происходило активное смешение еврейского и русского населения. В метрических книгах XIX века такие фамилии нередко фиксировали при записи в мещанское или купеческое сословие.

Таким образом, Афондеркин — это фамилия-гибрид: еврейское имя с русским патронимическим суффиксом. Предки носителя, скорее всего, были выходцами из еврейских местечек, которые при получении фамилий (в Российской империи это стало обязательным в начале XIX века) взяли за основу имя отца, а окончание подстроили под русское ухо.