Фамилия Афридонов — редкая и нестандартная для русского ономастикона. Её основа не связана с привычными прозвищами, ремёслами или географическими названиями, а восходит к церковному имени, которое в народном произношении претерпело сильные изменения.

В основе фамилии лежит каноническое имя Африкан (или Африкан). В православных святцах оно встречается, но было редким. В русской народной среде имя переосмыслили: ударение сместилось, а звучание упростилось до форм вроде «Африкáн» или «Африкóн». Со временем, из-за акающего произношения и привычки «проглатывать» слоги, имя могли произносить как «Афридóн» — с заменой «к» на «д» и утратой «ан» в конце. Так из редкого календарного имени возникла ещё более редкая фамилия.

Модель образования проста: к основе «Афридон» добавили типичный русский патронимический суффикс -ов. Фамилия Афридонов буквально означает «сын Афридона» и указывает на то, что предок носителя фамилии был крещён этим необычным именем. Суффикс -ов, а не -ин, говорит о том, что имя отца оканчивалось на твёрдый согласный.

Географически фамилия может быть связана с южнорусскими или украинскими говорами, где аканье и замена согласных встречались чаще, либо с семьями старообрядцев, которые иногда использовали редкие имена из святцев, не принятые в официальной церкви. Поскольку имя Африкан никогда не было массовым, носителей фамилии Афридонов исторически немного — это след единичного именования, которое закрепилось в одном роду.

Социальный контекст: в отличие от фамилий на -ский, которые часто носили дворяне или духовенство, фамилия с суффиксом -ов и редкой основой характерна для крестьянской или мещанской среды. Предки Афридоновых, скорее всего, были простыми людьми, получившими фамилию по отцу в XIX веке, когда крестьян массово записывали в ревизские сказки. Других версий происхождения — от прозвища или географического названия — для этой фамилии не существует, так как слов «афридон» или «африд» в русском языке нет.