Фамилия Афтенис сразу обращает на себя внимание своим окончанием. В русском языке привычны фамилии на -ов, -ев, -ин, а здесь — редкое -ис, которое ясно указывает на иноязычные корни. Скорее всего, перед нами греческая или молдавская фамилия, пришедшая в Россию вместе с переселенцами.

В греческом языке суффикс -ис (-ης) — один из самых распространённых при образовании фамилий от личных имён или прозвищ. Основа «Афтен-» может восходить к греческому слову «автентикос» (αυθεντικός), что значит «подлинный, настоящий». Другая версия — происхождение от имени Афтен (Αυθέντιος). В молдавской традиции фамилии на -ис тоже не редкость, и там корень мог быть связан с именем Автентий или его диалектным вариантом. Обе версии ведут в Причерноморье и Новороссию — регионы, куда в XVIII–XIX веках активно переселялись греки, а после 1812 года в состав Российской империи вошли бессарабские земли с молдавским и греческим населением.

Фамилию записывали на слух, поэтому она сохранилась в исходном виде, без русской суффиксальной обработки. Никакого -ов или -ин к ней не добавили. Социальный статус первых носителей, вероятно, был невысоким: крестьяне, ремесленники, мелкие торговцы. В родословных книгах дворянских родов Афтенис не встречается. В советское время фамилия осталась редкой, не получив массового распространения даже в регионах компактного проживания греков — Приазовье и Крыму.

Менее вероятна версия литовского происхождения. В литовском языке есть мужские фамилии на -is, и основа «Aften-» могла быть заимствована или адаптирована. Но в литовском ономастиконе такая фамилия не фиксируется как распространённая, поэтому греко-молдавский след выглядит убедительнее. Сегодня Афтенис — это почти всегда маркер конкретной семейной истории, связанной с переселением или миграцией, а не с древним русским родом.