Фамилия Афтенис — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели русских фамилий на -ов, -ев, -ин или -ский. Её окончание -ис выдаёт иноязычное происхождение, скорее всего, греческое или румынское/молдавское. В греческом языке суффикс -ис (-ης) характерен для фамилий, образованных от личных имён или прозвищ. Основа «Афтен-» может восходить к греческому слову «αυθεντικός» (автентикос) — «подлинный, настоящий», или к имени Афтен (Αυθέντιος). В молдавской традиции фамилии на -ис также не редкость, и там корень мог быть связан с именем Автентий или его диалектным вариантом.

На территории Российской империи фамилия Афтенис могла появиться несколькими путями. Первый — через греческих переселенцев, которые селились в Новороссии и Причерноморье в XVIII–XIX веках. Второй — через бессарабских греков или молдаван, чьи земли вошли в состав России после 1812 года. В таких семьях фамилию часто записывали на слух, что объясняет её необычное для русского уха звучание. Никакой русской суффиксальной обработки здесь не произошло: фамилию сохранили в исходном виде.

Менее вероятна, но возможна версия литовского происхождения. В литовском языке есть мужские фамилии на -is, и основа «Aften-» могла быть заимствована или адаптирована. Однако в литовском ономастиконе такая фамилия не фиксируется как распространённая, поэтому греко-молдавский след выглядит убедительнее.

Социальный статус первых носителей фамилии Афтенис, скорее всего, был невысоким — это могли быть крестьяне, ремесленники или мелкие торговцы из числа греческих или молдавских переселенцев. Дворянских родов с такой фамилией в российских родословных книгах не отмечено. В советское время фамилия осталась редкой, не получив массового распространения даже в регионах компактного проживания греков (Приазовье, Крым). Сегодня Афтенис — это почти всегда маркер конкретной семейной истории, связанной с переселением или миграцией, а не с древним русским боярским родом.