Фамилия Афтенюк — пример того, как прозвище, данное по внешнему признаку, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит украинское слово «афта»: так называют мелкие язвочки на слизистой оболочке рта — белые или красные пятнышки, которые появляются при стоматите. Прозвище Афтенюк могли дать человеку, который перенёс такое заболевание, или тому, у кого на лице или губах остались заметные следы после болезни. В народной среде подобные прозвища не несли оскорбительного смысла — они просто фиксировали бросающуюся в глаза особенность.

Суффикс -юк типичен для украинских фамилий западных регионов: он указывает на принадлежность к роду или на происхождение от человека, названного основой. Иными словами, Афтенюк — это «сын или потомок Афтена» (так могло звучать само прозвище в слегка изменённой форме). Такая модель словообразования особенно распространена на Волыни, в Подолье и на западе современной Украины.

Существует и другая гипотеза: не исключено, что в основе фамилии лежит не прозвище, а редкое мирское имя Афтенюк. В дохристианской традиции детям иногда давали имена-обереги, связанные с болезнями или недугами, — считалось, что такое имя отпугнёт злых духов и настоящая хворь обойдёт ребёнка стороной. Однако эта версия менее правдоподобна: прямых упоминаний имени Афтенюк в исторических источниках не встречается, а прозвищный след прослеживается яснее.

Фамилия остаётся редкой. Встречается она преимущественно на западе Украины, откуда носители могли расселиться в другие регионы. В России Афтенюки единичны, и почти всегда их корни ведут в украинские земли. С точки зрения социального происхождения фамилия, скорее всего, крестьянская или казачья: прозвища по внешним признакам были обычны в среде, где фамилии складывались стихийно, без участия канцелярии.

Если сравнивать Афтенюка с однокоренными фамилиями, то в украинской ономастике встречаются Афтёнок, Афтенко, Афтиняк — все они образованы от той же основы «афт(а)» с разными суффиксами. Такое разнообразие подтверждает, что прозвище было живым и самостоятельным, а не заимствованным из книжного языка.