Фамилия Афтений — редкая и нестандартная для русского ономастикона. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, которые указывали бы на принадлежность конкретному лицу. Перед нами, скорее всего, застывшая форма личного имени или прозвища, которую не стали переделывать по общему правилу.

Самое вероятное объяснение — происхождение от крестильного имени Афтоний (греч. «свободный, независимый»). В церковных святцах есть мученик Афтоний, чьё имя в русской традиции иногда упрощалось до Афтений. Фамилия могла возникнуть, когда сына или внука называли по отцу: «Афтениев сын», но со временем окончание отпало или записалось в сокращённом виде. В пользу этой версии говорит аналогия с фамилиями типа Афонин, Афонов, где основа — то же имя в народной форме Афоня.

Менее вероятна, но не исключена связь с греческим словом «афтос» (сам, собственный). В этом случае Афтений могло быть прозвищем самостоятельного, своенравного человека. Однако для прозвищной модели без суффикса это нетипично: обычно такие прозвища (Сам, Собин) давали напрямую, а не в книжной форме.

Географически фамилия почти не встречается в центральных губерниях. Несколько носителей зафиксированы на юге России и в Сибири — в областях, куда переселялись старообрядцы. Старообрядческая среда дольше сохраняла архаичные и редкие календарные имена без переделки, что могло закрепить форму Афтений как фамильную.

Социально носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или мещан. Дворянских родов с такой фамилией не известно — в родословных книгах она не значится. Если ваши предки носили фамилию Афтений, имеет смысл искать их в исповедных ведомостях конца XVIII — начала XIX века по южным уездам.