Фамилия Афутин образована от личного прозвища или мирского имени Афута. В основе лежит старославянское слово, означавшее «больной, хилый». Здесь сразу два возможных пути: либо прозвище Афута дали человеку со слабым здоровьем (прямое описание), либо, наоборот, это было охранительное имя. Вторая версия встречается реже, но она логична: в древности родители могли назвать здорового младенца «хилым» в надежде обмануть злых духов и уберечь сына от настоящих болезней. Такой обычай был распространён у славян, и имя-оберег нередко закреплялось в роду.

Фамилия построена по стандартной русской модели: к основе Афут- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «Афутин сын»). Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а или -я. Если бы прозвище звучало как Афут, потомки стали бы Афутовыми, но форма Афута дала именно Афутина.

География фамилии узкая. По имеющимся данным, Афутины — редкая фамилия, встречающаяся преимущественно в центральных и южных регионах России, но без выраженного гнезда. Это говорит о том, что род мог быть немногочисленным или рассеялся рано.

О точном времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных имён шёл несколько столетий, с XV по XVII век. Скорее всего, Афутины — не древний боярский род, а крестьянская или посадская фамилия, возникшая в бытовой среде. Сословной принадлежности предков мы не знаем, но сам тип фамилии (прозвище + -ин) характерен для простых людей, а не для знати.

Сравните с однокоренными фамилиями: Афутин, Афутов, Афутьев. Все они редки, и ни одна не получила широкого распространения. Это косвенно подтверждает, что исходное слово «афута» уже к XVIII веку вышло из живого обихода и сохранилось только в фамилиях как памятник древней лексики.