Фамилия Агутин образована от имени Агут — белорусской народной формы крестильного имени Агафон. В церковном календаре имя Агафон (от греческого «агатос» — «добрый», «хороший») закрепилось в честь святого Агафона, папы Римского, и нескольких раннехристианских мучеников. В бытовой речи на восточнославянских землях полное имя сократили и адаптировали: в белорусском диалекте оно превратилось в Агут, а от него через типичный суффикс принадлежности -ин (отвечающий на вопрос «чей?») появилась фамилия Агутин. Суффикс -ин в русской ономастике закрепился за основами, оканчивающимися на -а, -я, поэтому Агут → Агутин — грамматически точная модель, такая же, как, скажем, Гаврила → Гаврилин или Фома → Фомин.

Сложно сказать, в каком именно регионе и веке фамилия закрепилась впервые: процесс формирования русских фамилий растянулся с XV по XIX век, и белорусские влияния особенно сильны в западных губерниях Российской империи. Однако по модели образования ясно, что предок носителя фамилии был крещён именем Агафон, а в быту его звали Агут. Никаких документальных свидетельств о сословной принадлежности первых Агутиных нет, но фамилии с суффиксом -ин в массе своей носили крестьяне и мещане — дворянские роды чаще оформлялись через -ов/-ев. Таким образом, Агутины — скорее всего, потомки свободных или крепостных земледельцев либо ремесленников из белорусских или смоленских земель.