Фамилия Агутин образована от личного имени Агут, а оно, в свою очередь, — народная, разговорная форма крестильного имени Агафон. Имя Агафон греческого происхождения, в переводе означает «добрый», «благой». В белорусской и украинской среде имя Агафон часто сокращалось и переиначивалось, давая такие формы, как Агут, Агун, Агуня. Именно от такой обиходной формы и пошла фамилия Агутин.

Модель образования здесь простая и типичная для восточнославянских фамилий: к основе Агут прибавили суффикс принадлежности -ин. Вопрос «чей?» — Агутин, то есть сын или потомок человека по имени Агут. Такой суффикс характерен для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я: Агута → Агутин, как, скажем, Фома → Фомин или Кузьма → Кузьмин.

Интересно, что фамилия Агутин — не единственная в этом ряду. Встречаются также Агунов, Агуляев, Агуреев — все они восходят к тем же народным вариантам имени Агафон. Это хороший пример того, как одно каноническое имя дало целое гнездо разных фамилий, разошедшихся по регионам. Географически фамилия Агутин больше всего распространена на юго-западе России и в Белоруссии, что подтверждает её западнорусские и белорусские корни.

Версия, что фамилия могла произойти от тюркского слова «агут» (ядовитый), маловероятна: она не объясняет суффикса -ин и не находит подтверждения в исторических документах. Поэтому основная и единственная убедительная гипотеза — происхождение от имени Агафон через форму Агут.