Фамилия Агудин — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, перед нами фонетический вариант более известной фамилии Ягудин. В этом случае в основе лежит древнееврейско-арабское религиозное имя Ягуда, которое восходит к персидскому слову «яхуди» — «еврей, иудей». В буквальном переводе с еврейского «иудей» означает «славящий Бога». Переход начального «я» в «а» в русских говорах — явление распространённое, так что Агудин и Ягудин могли быть одной семьёй, записанной по-разному.

Есть и вторая версия, которая связывает фамилию не с религиозным именем, а с диалектным прозвищем. Агудин может быть вариантом фамилии Огудин, образованной от слова «огуда». В старину в некоторых говорах так называли плута, льстеца или хитреца. Прозвище Огуда давали человеку с соответствующим складом характера — изворотливому и недоверчивому. Переход начального «о» в «а» (аканье) типичен для южнорусских и среднерусских говоров, что делает эту этимологию вполне правдоподобной для носителей из этих регионов.

Какую из двух версий предпочесть, зависит от географии предков. Если семья родом из мест, где было сильно аканье (например, центральные или южные области России), версия с прозвищем Огуда выглядит естественнее. Если же фамилия встречается в районах с традиционно смешанным населением или среди потомков крещёных иудеев, более вероятна связь с именем Ягуда.

Интересно, что в Книге памяти Амурской области записан Агудин Иван Лаврович, родившийся в 1872 году в Ульяновской области. Эта запись — одно из немногих документальных подтверждений бытования фамилии. Ульяновская область находится в зоне переходных говоров, где аканье присутствует, но не так ярко, как южнее. Это не позволяет окончательно склониться к одной из версий: обе остаются в силе.

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. Фамилия Агудин говорит о принадлежности к конкретному человеку: «чей?» — «сын Агуды» (или Ягуды). Вне зависимости от корня, перед нами старая русская фамилия, которая могла возникнуть независимо в разных семьях и по разным причинам.