Фамилия Агудин имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Агудин уходит в XV-XVII вв. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Агудин способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Скорее всего, фамилия Агудин является фонетическим вариантом фамилии Ягудин, которая образована от древнееврейско-арабского религиозного имени Ягуда. В его основе лежит персидское слово «яхуди», что значит «еврей, иудей». В буквальном же переводе с еврейского слово «иудей» означает «славящий бога». Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Агудин являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Тем не менее, фамилия Агудин представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.