Фамилия Агудин — редкий пример, где тюркское происхождение переплелось с библейским именем, а звучание со временем изменилось до неузнаваемости. Вопреки распространённому мнению, что все фамилии на -ин образованы от русских прозвищ, Агудины ведут родословную из Золотой Орды или её осколков — печенежских и половецких кочевий. Проникновение таких основ в русскую ономастику стало возможным в XV–XVII веках, когда множество служилых людей нерусского происхождения вливалось в состав московского дворянства.

Скорее всего, исходная форма фамилии — Ягудин. Она восходит к древнееврейско-арабскому имени Ягуда, которое через персидское посредничество (слово «яхуди») означает «еврей, иудей». В буквальном переводе с иврита «иудей» — «славящий Бога». Переход начального «я» в «а» в русском просторечии — явление типичное: так фамилия адаптировалась к местному произношению, потеряв один из опознавательных знаков своего восточного корня.

Именно эта фонетическая замена и отличает Агудиных от более многочисленных Ягудиных. Если вторая группа фамилий прямо указывает на иудейское вероисповедание родоначальника, то первая — на его обрусение. Сведения о восточном происхождении фамилии подтверждаются самим именем её основателя, которое нехарактерно для славянской антропонимики. Таким образом, Агудины — не просто наследники тюркского или половецкого рода, а носители памяти о человеке, чьё имя было связано с религиозной традицией Ближнего Востока.