Фамилия Афутин образована от прозвища Афута, которое восходит к аналогичному старославянскому слову, означающему «больной, хилый». Вероятно, таким прозвищем нарекли человека со слабым здоровьем. Согласно другой версии, в основе фамилии лежит не прозвище, а мирское имя Афута. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Афутой. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Афута, со временем получил фамилию Афутин.