Фамилия Алфутин — из числа тех, что хранят в себе память о личном имени, которое давно вышло из обихода. В её основе лежит имя Алфута — народная, уменьшительная форма от Алфер. Такие «усечённые» варианты были в ходу в повседневной речи: длинное полное имя сокращали до короткого и привычного для домашнего обихода.

Само имя Алфер — это русская переработка греческого Елевферий. В переводе с греческого ἐλεύθερος означает «свободный». В православных святцах известно четыре святых покровителя с этим именем, самый известный из которых — епископ Елевферий Иллирийский, пострадавший за веру во II веке. Имя было нередким в крестьянской среде, но со временем почти исчезло, оставив след в фамилиях.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Алфуты». Так потомок человека по прозвищу или имени Алфута получал фамилию, которая закреплялась за родом.

В документах фамилия встречается нечасто, но один из ранних следов — запись в Книге памяти Республики Коми. Там указан Алфутин Иван Наумович, родившийся в 1897 году и живший в Нижневолжском крае (Новоаннинский район, Ярыженский сельсовет). Эта запись показывает, что носители фамилии были не только на севере, но и в волжских областях — там, где оседали переселенцы из центральных губерний.