Фамилию Алфутина стоит разобрать с необычного суффикса -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — «Алфутин», то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Алфута. В отличие от более массовых -ов/-ев, суффикс -ин чаще встречается в северных и центральных губерниях России, а также в среде старообрядцев. Сама основа фамилии — Алфут — почти наверняка восходит к разговорной, усечённой форме крестильного имени.

Исходное имя здесь — Елевферий (от греческого ἐλεύθερος — «свободный»). В народном произношении это длинное имя спрессовалось: сначала до Алферий, затем до Алфут. Такой путь типичен для русской бытовой традиции: вспомните, как Пантелеймон превращался в Пантелея, а Феофан — в Фофан. Имя Елевферий было распространено среди крестьян и посадских людей, особенно в XVI–XVII веках, когда церковные каноны ещё не жёстко регламентировали именослов. Форма Алфута — ласкательно-уменьшительная, с суффиксом -ут- (как в именах Васята, Колята, Петрута). Такие «детские» формы нередко закреплялись за взрослыми и переходили в фамилии.

Менее вероятная, но возможная версия связывает Алфута с тюркским корнем «алп» — «богатырь, храбрец». В пользу этой гипотезы говорит то, что фамилия встречается в южных и волжских регионах, где сильны тюркские влияния. Однако против неё — суффикс -ут, который для русских крестильных имён характернее, чем для тюркских прозвищ. Поэтому версия с Елевферием выглядит убедительнее.

Географически фамилия Алфутина (и мужской вариант Алфутин) фиксируется в основном в Вологодской, Костромской и Архангельской областях — тех самых краях, где сохранились архаичные формы имён и где суффикс -ин особенно распространён. Встречаемость невысокая, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, фамилия пошла из одного рода или нескольких разрозненных семей, не смешавшихся с носителями более частых -овских фамилий.

Социальный контекст прост: предки Алфутиных — крестьяне или посадские люди. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, в родословные книги она не попала. Это не делает её «простой» — напротив, такие фамилии ценны для историка тем, что сохранили живую народную речь и редкие формы имён, которые в официальных документах заменяли на полные церковные.