Фамилия Агутова — яркий пример того, как в русском языке «переплавилось» слово из тюркского источника. Её основа — прозвище или нецерковное имя Агут, которое, скорее всего, восходит к тюркскому «агут» (яд, отрава). Так могли прозвать человека с едким, язвительным языком, либо, что встречалось в кочевой среде, дать имя-оберег: чтобы отвести зло, ребёнка называли «отравой» — авось нечистая сила не тронет того, кто и так «плох». Суффикс -ов- в форме женского рода (Агутова) указывает на принадлежность: буквально «дочь (или жена) Агута». Мужской вариант — Агутов.

География фамилии тяготеет к регионам, где исторически тесно переплетались русские и тюркские народы: Поволжье, Приуралье, южные степи. В отличие от распространённых «птичьих» фамилий (Соколов, Орлов), Агутова имеет более узкий ареал и редкую семантику. Прямых аналогов с корнем «агут» в русском языке нет, но есть родственные тюркские фамилии вроде Агутаев, Агузаров (с другим суффиксом).

Интересно, что в некоторых говорах слово «агут» могло означать не только яд, но и кислый, терпкий вкус — например, так называли дикие яблоки. В этом случае прозвище могло достаться любителю кислого или человеку с кислым выражением лица. Вторая версия менее правдоподобна, но возможна.

В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не раньше XVII–XVIII веков, когда закрепилась модель образования на -ов/-ев от прозвищ. Сегодня носительниц фамилии Агутова можно встретить по всей России, но наибольшая концентрация — в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области.