Фамилия Агабалаева образована от восточного мужского имени Агабала. Это составное имя, и его смысл прозрачен: первая часть «ага» переводится с тюркских языков как «господин», «старший», «почтенный», а вторая — «бала» — означает «дитя» или «ребёнок». Таким образом, имя Агабала можно понять как «дитя господина» или «знатное дитя». Родители, нарекая сына таким именем, желали ему стать уважаемым, властным человеком, человеком положения.

Сама фамилия построена по стандартной для русского языка патронимической модели: к основе имени (Агабала) добавили русский суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Агабалаев). Женская форма Агабалаева — это та же фамилия, но с окончанием, указывающим на женский пол носителя. С точки зрения словообразования это типичная «фамилия-прилагательное», отвечающая на вопрос «чья?».

По своему происхождению фамилия Агабалаева — яркий пример того, как восточные, в первую очередь тюркские, имена входили в русскую фамильную систему через межнациональные контакты на Кавказе и в Закавказье. Такие фамилии особенно распространены среди азербайджанцев, народов Дагестана и других тюркоязычных групп. Встречаются варианты написания — Агабалаев, Агабалаева — и реже, Агабалин.

Процесс закрепления фамилий был долгим, и точно определить место и время возникновения рода Агабалаевых можно лишь в ходе специальных генеалогических изысканий. Однако можно уверенно сказать, что основатель рода носил имя Агабала, и это имя уже тогда несло в себе пожелание знатности и уважения, которое и перешло в фамилию.