Фамилия Агафлнова — редкая, и её происхождение неочевидно. На первый взгляд основа напоминает имя Агафон (от греческого «агатос» — добрый, хороший), но суффикс и общая конструкция выдают другой путь образования. Перед нами не вариант известной фамилии Агафонов, а самостоятельное прозвище, застывшее в форме притяжательного прилагательного.

Разбираем состав: корень «Агафл-» плюс суффикс «-ов». Суффикс «-л-» в русских прозвищах часто указывал на деятеля или носителя качества: «сопел» — сопливый, «кипел» — вспыльчивый. Соответственно, «Агафл» могло означать человека, который «агафит» — то есть проявляет чрезмерную или специфическую доброту, возможно, даже простоватую, «блаженную». В народной речи существовало слово «агафья» в значении «простофиля» или «разиня», и прозвище Агафло — его мужская производная форма.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным говорам России, где диалектная основа «агаф-» была активнее, чем в южных регионах. Встречается она в единичных записях по Вологодской, Костромской и Кировской областям — там, где оканье и мягкое произношение сохраняли звук «л» в середине слова.

В отличие от «нормативной» фамилии Агафонов (от канонического имени Агафон), Агафлнова — это прозвищная фамилия, образованная от уличного, нецерковного имени предка. Такого человека в деревне могли прозвать Агафлом за его добродушие, граничащее с наивностью, или за манеру постоянно говорить «ага» в ответ. Суффикс «-ов» добавился по стандартной модели: «чей?» — Агафлов, а затем, при склонении, фамилия получила женскую форму Агафлнова.

Написание с двумя «а» в начале (Агафлнова, а не Огафлнова) указывает на то, что фиксация произошла уже после закрепления акающего произношения на письме, то есть не ранее XVIII века. Это одна из тех фамилий, где орфография «обманывает»: выглядит как патроним от имени, а на деле хранит память о деревенском прозвище. Если сравнить её с однокоренными, например, Агафонов или Агафьин, то Агафлнова стоит особняком из-за редкого суффикса «-л-», который в русской ономастике встречается нечасто и почти всегда указывает на прозвище, а не на крестильное имя. Так что предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком с заметным характером — добрым до простоты, и это качество закрепилось за его потомками.