Фамилия Агапеев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Агапеев послужило церковное имя Агапей. Фамилия Агапеев восходит к крестильному мужскому имени Агапей (Агапит, Агап), которое в переводе с греческого означает «любимый». Этот боярин, желая испытать Агапита, прислал к нему осужденного на смерть, которому дано было яду. Он же исцелил Владимира Мономаха, страдавшего весьма тяжкой болезнью, которого лечил армянский врач без малейшего успеха. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Агапей, со временем получил фамилию Агапеев. О точном месте и времени возникновения фамилии Агапеев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Агапеев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.