Фамилия Агапеев — одна из тех русских фамилий, где церковное имя легло в основу без посредников. Её образовали от крестильного мужского имени Агапей (церковнославянская форма греческого агапэ — «любовь»). В святцах встречаются и другие варианты этого имени: Агапит, Агап, а в народной речи оно порой звучало как Агапей. Смысл имени прозрачен — «любимый», «возлюбленный».

История имени Агапей не ограничивается переводом. За ним стоит конкретный святой — преподобный Агапит Печерский, врач безмездный, живший в Киево-Печерской лавре в XI веке. Легенда гласит, что он исцелил самого князя Владимира Мономаха от тяжкой болезни, с которой не справился армянский лекарь. Этот сюжет — не просто житийная подробность, а важный культурный маркер: имя Агапей в Древней Руси ассоциировали не с отвлечённой «любовью», а с конкретным чудом исцеления и даром врачевания.

Фамилия Агапеев образована по стандартной модели: к основе Агапей- добавлен суффикс принадлежности -ев (в безударной позиции после мягкого согласного). Буквально: «чей?» — «Агапеев», то есть сын, внук или потомок человека по имени Агапей. Это типичная «отчество в застывшей форме», самая массовая модель русских фамилий.

Имя Агапей никогда не было частым, но и не исчезло. В XIX веке оно встречалось в крестьянской и мещанской среде, особенно в центральных и южных губерниях. Поэтому фамилия Агапеев — не аристократическая, а скорее разночинская: её носили священники, купцы, мещане, реже — дворяне. Встречается она и сейчас, но остаётся довольно редкой.