Основой фамилии Агапеев послужило церковное имя Агапей. Фамилия Агапеев восходит к крестильному мужскому имени Агапей (Агапит, Агап), которое в переводе с греческого означает «любимый». Этот боярин, желая испытать Агапита, прислал к нему осужденного на смерть, которому дано было яду. Он же исцелил Владимира Мономаха, страдавшего весьма тяжкой болезнью, которого лечил армянский врач без малейшего успеха. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Агапей, со временем получил фамилию Агапеев.