Фамилия Агеенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Аггей. Имя Агей заимствовано из древнееврейского языка и означает «торжественный, праздничный, веселящийся». К известным представителям этой фамилии относится Флоренция (Флора) Леонидовна Агеенко (род. 14 сентября 1928) — советский и российский филолог, кандидат филологических наук (1993). В дикторском отделе Центрального телевидения Флора Агеенко проработала вплоть до его закрытия в 1991 году. После распада СССР продолжала свою деятельность в телекомпаниях «Культура», «ТВ-центр», «Деловая Россия». Поэтому Агеенко буквально понималось как «сын Агея».