Фамилия Агидулина прямо указывает на географические и языковые корни предков. Её основа — мужское имя Агидула, адаптированный в тюркской среде вариант арабского имени Абдулла («раб Аллаха»). В башкирском и татарском языках начальное «аб» часто редуцировалось в «аг», а «улла» — в «ула», так Абдулла превратился в Агидуллу.

Суффикс -ин в окончании говорит о принадлежности: Агидулина означает «дочь Агидулы» или «жена Агидулы». В русской ономастике суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от основ на -а, -я. Если бы фамилия оканчивалась на -ов, основой служило бы имя Агидул (с твёрдой конечной согласной), но форма на -ин прямо указывает на исходное имя Агидула. Это тонкое, но надёжное словообразовательное отличие.

Фамилия почти наверняка башкирского или татарского происхождения. Встречается преимущественно в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане. Предки носителей, скорее всего, были мусульманами, получившими фамилию по русской модели в XIX веке при массовом учёте населения. Спорных версий у этой фамилии почти нет — прозрачная арабская этимология и чёткая тюркская огласовка не оставляют места для альтернативных трактовок вроде славянского корня.

Ударение в фамилии может падать как на второй слог (Аги́дулина), так и на третий (Агиду́лина). Первый вариант ближе к произношению имени-основы, второй — к типичному русскому ударению в длинных фамилиях. Оба равноправны и не меняют смысла.