Фамилия Агинскас — один из тех случаев, когда написание сразу подсказывает происхождение. Финал «-ас» — верный признак литовского языка. В русском языке такие фамилии часто русифицировали, меняя окончание, но Агинскас сохранила исходную форму. Это говорит о том, что носитель или его предки были выходцами из Литвы или исторической территории Великого княжества Литовского, где фамилии с суффиксом «-скас» (женский вариант «-скене», «-скайте») широко распространены.

Основа фамилии — «Агин-». Самая вероятная версия: это вариант литовской фамилии Агинскас (Agin'kas), образованной от личного имени Агинас (Agin'as). В основе имени лежит литовский корень ag- со значением «быстрый», «проворный». Таким образом, прозвище могло характеризовать человека как шустрого, расторопного. Менее вероятно, но не исключено, что основа связана с названием местности — например, с хутором или усадьбой, владелец которой носил такое имя.

Словообразовательная модель проста: к основе имени Агин- добавили типичный литовский суффикс принадлежности «-скас». В русской традиции такие фамилии часто осмысляли как польские или белорусские (с окончанием «-ский»), но литовское происхождение выдает именно характерное окончание «-ас». Встречаются и варианты написания — Агинскас, реже Агинскас, но в целом фамилия редкая и не имеет массового распространения за пределами Литвы и приграничных областей.

Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным родам нет. Скорее всего, фамилия возникла в крестьянской или мещанской среде в XIX веке, когда литовцам массово присваивали фамилии по имени отца или прозвищу. Сравните её с однокоренными литовскими фамилиями вроде Агинтас или Агинскис — у них общий корень, но разные суффиксы указывают на тонкие различия в диалектах или способе образования. Агинскас, с суффиксом «-скас», ближе к модели, типичной для западных и центральных районов Литвы, где такие окончания встречаются чаще, чем на востоке.