Фамилия Агневский построена по классической модели: суффикс -ский превращает географическое название или личное имя в фамилию. В русской ономастике этот суффикс чаще всего указывал на дворянское происхождение или связь с местностью — такую фамилию получал владелец имения или выходец из конкретного села. Но с основой «Агнев» всё не так просто: её нет ни в одном известном топониме, и это заставляет искать иной корень.

Первая и самая вероятная версия — фамилия образована от редкого христианского имени Агней. В православных святцах оно встречается, а в основе лежит греческое «агнос» — чистый, непорочный. В бытовой речи имя могло сократиться до Агня, а от него пошла фамилия Агневский — по модели «чей?» → «принадлежащий роду Агня». Суффикс -евский здесь присоединён к основе на -ев, что не редкость: тот же принцип в фамилиях Андреевский, Алексеевский.

Вторая версия, менее вероятная, но любопытная, связывает корень со словом «агнец» (ягнёнок). В старину «агнец» имело и переносное значение — так могли назвать кроткого, безобидного человека. Тогда Агневский — потомок того, кого прозвали Агнец. Однако переход «агнец» → «Агнев» требует дополнительных словообразовательных ступеней, которые не подтверждаются данными исторических говоров. Скорее всего, перед нами случай, когда народная этимология пытается связать фамилию с понятным словом, но реальный путь идёт от редкого имени.

Географически фамилия Агневский встречается в основном в западных регионах бывшей Российской империи — в Беларуси и на Украине. Это наводит на мысль, что она могла возникнуть в среде мелкой шляхты или духовенства, которые часто брали фамилии на -ский по названию имения или прихода. Если Агневский — топонимическая фамилия, то исходное село или урочище с названием Агнево, Агневка не сохранилось в современных картах, но могло существовать в XVI–XVII веках. Таким образом, у фамилии двойное происхождение: либо от редкого христианского имени Агней, либо от исчезнувшего географического названия. В любом случае, суффикс -ский указывает на то, что её носители в прошлом имели определённый социальный статус — скорее всего, принадлежали к служилому сословию или духовенству, где фамилии такого типа были нормой.