Фамилия Аграфонкина — женская форма, а мужская, Аграфонкин, образована от редкого русского имени Аграфонка. Это не что иное, как просторечная, обиходная форма канонического имени Агриппина. В церковных святцах Агриппина — женское имя, но в народной среде имя легко переосмысливалось и давалось мужчинам, превращаясь в Аграфона, Аграфонку. Связь с мужским именем здесь не случайна: фамилии на -ин в подавляющем большинстве образуются от мужских основ (чьей женой была? — Аграфонкиной, то есть женой Аграфонки).

Разберём, как из Агриппины получился Аграфонка. Корень фамилии уходит в народную фонетику. Имя Агриппина в разговорной речи прошло несколько стадий упрощения: сначала исчезло первое «и» — получилось Агриппина, затем «р» перешло в «р'» под влиянием мягкого «п», и в итоге появилось Аграппина. Форма Аграфонка — уже вторичная, с типичным для русских говоров замещением «пп» на «ф» (ср. Фёкла из Фёклы) и суффиксом -онк-, который придаёт имени фамильярно-ласкательный оттенок. Такая замена глухого смычного на щелевой характерна для северных и северо-западных говоров, где язык не любит долгих согласных.

Географически фамилия тяготеет именно к тем областям, где были сильны традиции неканонических, «домашних» форм имён. Встречается она нечасто: по данным современных телефонных справочников, носители сосредоточены в основном в Ивановской, Костромской и Нижегородской областях. Это указывает на то, что фамилия не вышла за пределы крестьянской среды и не получила распространения через дворянские или купеческие роды. Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность, родство. Аграфонкина буквально значит «дочь или жена Аграфонки». В этом смысле фамилия ничем не отличается от десятков тысяч других русских фамилий на -ин, образованных от уменьшительных имён. Но её редкость и необычное звучание — прямое следствие того, что в основе лежит не стандартное Агриппина, а её диалектный, почти забытый вариант, сохранившийся только в нескольких регионах.