Фамилия Аграфонова — женская форма фамилии Аграфонов, и её происхождение напрямую связано с церковным именем Аграфена. Это народная, обиходная форма канонического женского имени Агриппина, которое пришло на Русь из Византии вместе с христианством. Само имя Агриппина имеет римские корни и, по наиболее распространённой версии, восходит к родовому имени Agrippa, что означало «рождённый ногами вперёд» — в античном мире такое рождение считалось необычным и даже счастливым знаком. В русской традиции имя Агриппина превратилось в более простое и звучное Аграфена. От него образовалось отчество Аграфонович (и его разговорная форма Аграфоныч), а затем и фамилия Аграфонов.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, означающих «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то». Соответственно, Аграфонова — это «дочь или жена Аграфонова». В документах XVII–XVIII веков фамилия фиксируется в разных вариациях: Аграфонов, Ографонов, Аграфонкин, что отражает живую диалектную речь и нестабильность орфографии в то время.

Интересная деталь: имя Аграфена было настолько популярно в крестьянской и купеческой среде, что дало начало не только фамилии Аграфонов, но и целому гнезду однокоренных фамилий — Аграфенин, Аграфенкин, Аграшкин, Аграшков. Все они образованы от уменьшительных форм того же имени. Поэтому, если ваша фамилия Аграфонова, вы, скорее всего, потомок человека, которого звали Аграфоном — то есть сыном Аграфены. В ономастических справочниках (например, в работах Б. Унбегауна) эта модель описана как типичная для фамилий, произошедших от женских имён, что встречается реже, чем от мужских, и делает фамилию Аграфонова немного необычной по своему словообразованию.

Географически фамилия Аграфоновых распространена по всей центральной России, но чаще встречается в бывших Рязанской, Тамбовской и Нижегородской губерниях. В этих краях имя Аграфена было особенно любимо, и местные говоры сохранили его в форме «Агрофена» или «Огрофена», что породило варианты написания фамилии через «о» — Ографонов. Со временем написание закрепилось через «а» под влиянием литературной нормы, но в старых метрических книгах можно встретить оба варианта.