Фамилия Агушкин с первого взгляда кажется простой, но её происхождение не лежит на поверхности. Перед нами типичная патронимическая модель с суффиксом -ин, которая указывает на принадлежность предку по имени Агушка. Загвоздка в том, что в православных святцах такого крестильного имени нет, поэтому корни нужно искать в прозвищах или народных переделках других имён.

Самая вероятная версия — уменьшительно-ласкательная форма от имени Агафон. В народном произношении оно превращалось в Агоню, а затем в Агушу. Второй возможный источник — редкое крестильное имя Аггей (в быту — Агей), от которого образовалось Агушка. Суффикс -уш- здесь типичен для русских домашних имён: по такой же модели появились Трошка от Трофима или Митюшка от Дмитрия. Фонетически переход не случаен: в южнорусских и рязанских говорах любили «акать» и смягчать согласные, поэтому Агушка с твёрдым «г» звучало привычнее, чем «Агейка».

Существует и вторая, более редкая гипотеза — связь с тюркским словом «агуш», что значит «горький» или «полынь». В таком случае прозвище Агушка могли дать человеку с горьким нравом или любителю полынных настоек. Эта версия слабее, потому что для фамилий на -ин характерна славянская основа, а тюркские заимствования чаще давали фамилии на -ов (Агушев). Однако в районах смешанного населения, например в Поволжье, такой вариант не исключён.

Географически фамилия Агушкин встречается нечасто, но прослеживается в южных областях России — Воронежской, Ростовской, отчасти Тамбовской губерниях. Это косвенно подтверждает первую версию: именно в этих краях имя Агафон было в ходу у крестьян, а суффикс -ушк- в прозвищах встречался повсеместно. Предок-носитель фамилии, скорее всего, был простым человеком — крестьянином или ремесленником. В быту его звали не по полному имени, а по домашнему: Агушка, а его сына — Агушкин.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду таких же «домашних» фамилий, как Алёшкин, Тимошкин, Сенькин. Но в отличие от них, Агушкин не получил широкого распространения из-за неочевидности исходного имени. Это редкий случай, когда фамилия хранит память о местном говоре и о том, как в деревне переделывали церковные имена на свой лад.