Фамилия Агушкин — один из тех случаев, где внешняя простота обманчива. На первый взгляд, перед нами типичная патронимическая модель с суффиксом -ин, указывающая на принадлежность к предку по имени Агушка. Но проблема в том, что в святцах и в привычном древнерусском именослове такого крестильного имени нет. Значит, искать корни нужно в прозвищах или производных формах других имён.

Самая вероятная версия — уменьшительно-ласкательная форма от имени Агафон (в народном произношении Агафон → Агоня → Агуша) или от редкого крестильного имени Аггей (Агей → Агушка). В обоих случаях суффикс -уш- (-юш-) типичен для русских домашних имён: так же образовались Трошка от Трофим, Митюшка от Дмитрий. Фонетически переход «г» в «г» мягкий или даже «гв» здесь не случаен: в южнорусских и рязанских говорах любили «акать» и смягчать согласные, поэтому Агушка могло звучать как «Агушка» с твёрдым «г», что для слуха было привычнее, чем «Агейка».

Есть и вторая, более редкая гипотеза: связь с тюркским словом «агуш» — «горький» или «полынь». В таком случае прозвище Агушка могли дать человеку с горьким нравом или, наоборот, любителю полынных настоек. Эта версия слабее, потому что для фамилий на -ин характерна славянская основа, а тюркские заимствования чаще давали фамилии на -ов (Агушев). Тем не менее, в районах смешанного населения (например, в Поволжье) такой вариант не исключён.

Географически фамилия Агушкин встречается нечасто, но прослеживается в южных областях России — в Воронежской, Ростовской, отчасти в Тамбовской губерниях. Это косвенно подтверждает первую версию: именно в этих краях имя Агафон было в ходу у крестьян, а суффикс -ушк- в прозвищах встречался повсеместно. Предок-носитель фамилии, скорее всего, был простым человеком — крестьянином или ремесленником, которого в быту звали не по полному имени, а по домашнему: Агушка, сын Агушки — вот и стал Агушкиным.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду таких же «домашних» фамилий, как Алешкин, Тимошкин, Сенькин. Но в отличие от них, Агушкин не получил широкого распространения из-за неочевидности исходного имени. Это редкий случай, когда фамилия хранит память о местном говоре и о том, как в деревне переделывали церковные имена на свой лад.