Фамилия Ахматходеева — редкий пример сложения тюркского имени с арабским титулом. Её основа — составное мужское имя Ахматходе́й (в русской передаче Ахматходжа), которое распадается на две части: «Ахмат» и «ходе́й». Первая часть — один из вариантов имени Ахмад, что по-арабски значит «достойный похвалы», «прославленный». В исламской традиции это одно из имён пророка Мухаммеда. Вторая часть — «ходе́й» — местная диалектная форма арабского слова «ходжа» (хозяин, господин, наставник). В Средней Азии «ходжа» — не только уважительное обращение, но и обозначение потомков пророка или духовных лиц.

Фамилия образована по русской модели: к основе Ахматходе(й) добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Ахматходеев). Женская форма Ахматходеева — естественное грамматическое изменение. Такое оформление типично для фамилий тюркского происхождения, которые вошли в русский обиход после присоединения Средней Азии к Российской империи в XIX веке. Суффикс -ев, а не -ов, объясняется тем, что основа заканчивается на мягкий звук (й), что характерно для адаптации восточных имён.

Географически фамилия почти наверняка связана с территорией современного Узбекистана или Таджикистана — регионами, где имя Ахматходжа было распространено среди оседлого населения, особенно в среде ремесленников, торговцев или духовенства. В России и странах бывшего СССР носители фамилии встречаются крайне редко, в основном в миграционных волнах XX века.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ев, которые восходят к простому прозвищу или профессии, Ахматходеева несёт в себе сразу два смысловых слоя — религиозный (Ахмад) и социальный (ходжа). Это говорит о том, что предок носителя был человеком уважаемым, возможно, имел отношение к исламскому образованию или торговле. В русских документах фамилия могла записываться с вариациями — Ахматходжаев, Ахметходжиев — из-за сложности передачи арабской фонетики кириллицей, но форма Ахматходеева закрепилась как наиболее употребительная.