Фамилия Ахматходеева — редкий пример того, как тюркское имя и арабский титул срослись в одну основу, а затем получили русское фамильное окончание. Если разобрать её по частям, сразу становится ясно, кем мог быть предок носителя этой фамилии.

Основа — составное мужское имя Ахматходе́й (в русской передаче чаще Ахматходжа). Первая часть, «Ахмат», — один из вариантов имени Ахмад. По-арабски оно значит «достойный похвалы», «прославленный». В исламской традиции это одно из имён пророка Мухаммеда. Вторая часть — «ходе́й» — местная диалектная форма арабского слова «ходжа» (хозяин, господин, наставник). В Средней Азии «ходжа» — не просто уважительное обращение, а обозначение потомков пророка или духовных лиц. То есть имя Ахматходжа буквально означало «прославленный господин» или «достойный похвалы наставник».

Фамилию образовали по русской модели: к основе Ахматходе(й) добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Ахматходеев). Женская форма Ахматходеева — естественное грамматическое изменение. Суффикс -ев, а не -ов, объясняется тем, что основа заканчивается на мягкий звук (й). Такое оформление типично для фамилий тюркского происхождения, которые вошли в русский обиход после присоединения Средней Азии к Российской империи в XIX веке.

Географически фамилия почти наверняка связана с территорией современного Узбекистана или Таджикистана. Именно там имя Ахматходжа было распространено среди оседлого населения — особенно в среде ремесленников, торговцев или духовенства. В России и странах бывшего СССР носители фамилии встречаются крайне редко, в основном в миграционных волнах XX века.

В отличие от многих фамилий на -ев, которые восходят к простому прозвищу или профессии, Ахматходеева несёт в себе сразу два смысловых слоя — религиозный (Ахмад) и социальный (ходжа). Это указывает на то, что предок носителя был человеком уважаемым, возможно, имел отношение к исламскому образованию или торговле. В русских документах фамилия могла записываться с вариациями — Ахматходжаев, Ахметходжиев — из-за сложности передачи арабской фонетики кириллицей, но форма Ахматходеева закрепилась как наиболее употребительная.