Фамилия Ахматынов — редкий случай, когда тюркское имя-основа соединилось с русским патронимическим суффиксом, но не самым распространённым способом. Вместо привычного «Ахматов» (от имени Ахмат) мы видим форму на -ынов. Суффикс -ын в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и обычно указывает на принадлежность: чей? — Ахматынов, то есть сын Ахматына. А вот само имя Ахматын — это уже уменьшительная или обиходная форма от Ахмат (тюрк. «хвалимый», «восхваляющий»), образованная по той же модели, что, скажем, Иван — Иватын или Пётр — Петрухин.

Вероятнее всего, фамилия сложилась в среде служилых татар или крещёных тюркских народов, которые в XV–XVII веках переходили на русскую службу и принимали православие. При крещении им давали русские имена, но в быту и в документах долго держались старые прозвища. Ахматын — это как раз такое бытовое именование: «маленький Ахмат» или «Ахмат-сын». Со временем оно закрепилось за потомками как фамилия.

Географически Ахматыновы тяготеют к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками соседствовали русские, татары, башкиры и чуваши. Встречается фамилия и в Оренбургской области, и в Башкортостане, и в Татарстане. Двойной суффикс -ын-ов — явный признак того, что фамилия «обрусела» уже на русской почве: сначала появился Ахматын, а потом от него, по русской модели, сделали Ахматынов.

Если сравнивать с однокоренными, то Ахматов — самая частая форма, Ахматуллин — типично татарская (с арабским компонентом «улла»), а Ахматынов стоит особняком. Он показывает, что предок носителя не просто носил имя Ахмат, а имел прозвище Ахматын — возможно, так его называли в деревне, отличая от других Ахматов. В документах XVII–XVIII веков такие «полуимена» на -ын встречаются в переписных книгах, но в фамилию перешли не все. Ахматынов — как раз один из тех, кто сохранил эту редкую форму.