Фамилия Ахмед-Ахуновы — составная, что сразу выделяет её среди множества других. Она образована от двусоставного имени Ахмед-Ахун (встречается и слитное написание — Ахмедахун), и каждая часть этого имени несёт отдельный смысл. Первая часть восходит к арабскому мужскому имени Ахмед (фонетический вариант Ахмет), которое переводят как «самый знаменитый», «достойный похвалы», «прославленный». Вторая часть — «ахун» — слово персидского происхождения, означающее «наставник», «учитель», «наставляющий на путь истины». В буквальном прочтении имя Ахмед-Ахун, а с ним и фамилия, означает «самый известный учитель» или «прославленный наставник».

Основателем рода, скорее всего, был человек, которого так назвали в честь уважаемого и почтенного мусульманина, обладавшего духовным авторитетом. Сама модель образования фамилии — через русский патронимический суффикс -ов, добавленный к сложному восточному имени, — типична для конца XV–XVII веков, когда в русскую среду активно вливались выходцы из тюркских народов. В родословных записях тех лет нередко упоминаются люди с подобными двойными именами, причём вторая часть часто указывала на социальный статус или род занятий.

Сам корень «ахун» — более редкий и специфичный элемент, чем, скажем, «ходжа» или «мулла». В тюркской и персидской среде так называли не просто грамотного человека, а наставника при медресе, духовное лицо, имевшее право обучать. Поэтому фамилия Ахмед-Ахуновы может указывать не на абстрактное «восточное происхождение», а на конкретную семейную традицию: предки могли быть связаны с мусульманским духовенством или учёностью. В отличие от фамилий, образованных от чисто арабских имён (например, просто Ахметов), эта несёт двойную семантическую нагрузку, объединяя личное имя с титулом.