Фамилия Ахмед-Ахунов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Ахмед-Ахунов уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Ахмед-Ахунов являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Ахмед-Ахунов ведет свое начало от имени Ахмед-Ахун (встречается также в слитном написании - Ахмедахун). Его первая часть происходит от мусульманского мужского имени Ахмет (фонетический вариант - Ахмед), которое переводится на русский язык как «самый знаменитый, известный, прославленный, самый достойный похвалы». В основу второй части имени легло персидское слово «ахун», которое имеет значение «наставляющий на путь истины, учитель, наставник». Таким образом, имя Ахмед-Ахун, а соответственно и фамилия Ахмед-Ахунов в буквальном смысле означает «самый известный учитель». Скорее всего, основателем рода Ахмед-Ахуновых стал сын уважаемого, почтенного человека, истинного мусульманина. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Ахмед-Ахунов способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Ахмед-Ахунов представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.