Фамилия Ахмед-Ахунов — двусоставная, и её ключ к пониманию лежит в сложном личном имени Ахмед-Ахун (встречается также слитное написание — Ахмедахун). Разберём обе части. Первая, Ахмед, — фонетический вариант имени Ахмет, арабского происхождения, которое означает «самый знаменитый», «прославленный», «достойный похвалы». Вторая часть — «ахун» — слово персидское, и его смысл конкретнее: «наставляющий на путь истины», «учитель», «наставник». Складывая значения, получаем «самый известный учитель» — имя-пожелание, которое давали в семьях, где особенно ценили религиозное образование и духовный авторитет.

Фамилию образовали по русской модели: к основе Ахмед-Ахун добавили патронимический суффикс -ов, который отвечает на вопрос «чей?». Так появилось значение «сын Ахмед-Ахуна». Скорее всего, основателем рода был человек, которого в общине знали именно под этим составным именем — сын уважаемого, почтенного мусульманина, возможно, самого деревенского или квартального муллы.

Обратите внимание на написание через дефис. Это типично для фамилий, образованных от двойных имён, и отличает её от более простых форм вроде просто Ахметов или Ахунов. Географически такая модель чаще встречается среди татар и башкир, у которых традиция составных имён с элементом «ахун» была распространена в среде мусульманского духовенства. Встречается и слитный вариант Ахмедахунов, но дефисное написание точнее передаёт структуру исходного антропонима.