Фамилия Ахтапова — женская форма фамилии Ахтапов. В основе лежит мужское имя или прозвище Ахтап, которое, скорее всего, имеет тюркское происхождение. В тюркских языках корень «ахта» (или «акта») может означать «кастрированный», «холощёный» (обычно о домашних животных — коне или верблюде). Соответственно, Ахтапом могли прозвать скотовода, занимавшегося кастрацией скота, или человека, который сам был кастратом (скопцом). Впрочем, в некоторых тюркских диалектах «акта» переводится и как «белый», «чистый», что допускает и «светлую» версию происхождения — как прозвище по цвету волос или кожи.

Суффикс «-ов» в фамилии Ахтапов — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Ахтапа». Фамилия образовалась в среде крещёных татар, башкир или других тюркоязычных народов, перешедших в православие. В русской традиции такие фамилии на -ов закрепились в XVI–XVIII веках, когда инородцев при крещении записывали по имени отца с русским окончанием.

Географически фамилия Ахтапова встречается в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Самарской областях. Это указывает на регион, где тюркские имена и прозвища легко входили в русский ономастикон. Встречается и вариант написания через «о» — Охтапов, что связано с аканьем (произношением «а» вместо «о» в безударном положении), но основная форма закрепилась как Ахтапов.

Родственных фамилий с тем же корнем немного: Ахтаев, Ахташев. Они образованы от других суффиксов (-ев, -шев), но восходят к той же основе. Фамилия Ахтапова не относится к числу дворянских или широко известных — это скорее крестьянская или мещанская фамилия, что типично для поздних искусственных фамилий, данных при крещении или переписи населения.