Фамилия Ахунжанова образована от тюркского мужского имени Ахунжан. Это имя составное, в нём два корня. Первый — «ахун», что в переводе с тюркского означает «господин», «владыка» или «наставник» (в духовном смысле). Второй — «жан», восходящий к персидскому «джан» — «душа». Вместе имя Ахунжан толкуется как «душа господина» или «господин души». Такое имя — пример восточной антропонимической формулы, где к титулу или почётному званию добавляется ласкательный или возвышающий компонент.

Имя Ахунжан — не просто пожелание уважения в обществе. В тюрко-персидской традиции имена с компонентом «джан» нередко давали детям в семьях, где ценили духовный авторитет или принадлежность к религиозной элите. «Ахун» — это не только «господин», но и обозначение мусульманского учёного, богослова, иногда — главы общины. Поэтому имя могло отражать не общее пожелание «быть хорошим человеком», а конкретную социальную или религиозную ориентацию семьи: возможно, предки были связаны с духовенством или принадлежали к привилегированным слоям.

Фамилия Ахунжанова — женская форма, мужская — Ахунжанов. Она образована по русской модели с суффиксом -ов/-ев, который присоединяется к восточным именам для создания фамилий. Это типично для народов Поволжья, Средней Азии и Кавказа, где в XIX–XX веках активно шёл процесс русификации имён и фамилий. Суффикс указывает на принадлежность: «сын Ахунжана» или «из рода Ахунжана».

Географически фамилия Ахунжанова чаще всего встречается среди татар, башкир, узбеков и других тюркоязычных народов. В России она распространена в Татарстане, Башкортостане, а также в регионах с компактным проживанием среднеазиатских диаспор.

Точное время возникновения рода Ахунжановых установить сложно: фамилии у тюркских народов закреплялись неравномерно, часто в советский период, когда паспортизация требовала единой записи. Однако имя Ахунжан как личное имя бытовало задолго до этого. Поэтому фамилия может быть относительно поздней (XIX–XX века), но корни уходят глубже — в те времена, когда имя ещё не превратилось в наследственное.