Фамилия Акубеков — один из примеров того, как тюркское имя, пройдя через русскую модель фамилии, закрепилось в документах и стало наследственным. В основе лежит мужское личное имя Акубек, которое составное: первая часть «Аку» восходит к тюркскому «ак» — «белый», «чистый», «благородный» (в некоторых диалектах — «сильный»), вторая — «бек» (князь, господин, предводитель). Таким образом, Акубек — это «белый (благородный) князь» или «чистый господин», типичное для тюркской антропонимии имя-титул, которое давали сыну в знатных семьях или как пожелание высокого положения.

Суффикс -ов — стандартный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность («сын Акубека»). Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ев, где основа часто оканчивается на мягкий согласный или -й, здесь суффикс -ов присоединён к основе на твёрдый -к. Это говорит о том, что имя Акубек воспринималось как полноценное, без усечения, и адаптировалось по правилам русской грамматики, а не через тюркские притяжательные формы.

Фамилия не встречается массово в центральной России; её география тяготеет к регионам с тюркским населением — Северный Кавказ (особенно Карачаево-Черкесия и Кабардино-Балкария), а также Татарстан и Башкортостан. Встречается она и у казахов, но в форме Акубеков или Акубек (без русского окончания). Социальный контекст: носители фамилии Акубеков в прошлом могли быть выходцами из служилой тюркской знати или зажиточных крестьян, так как имя «бек» обычно не давали простолюдинам, хотя к XIX веку оно могло стать просто престижным именем без сословной привязки.

В ономастических справочниках фамилия не описана подробно, но её структура типична для пласта русских фамилий тюркского происхождения, которые массово фиксировались в XVI–XIX веках при переходе кочевников к оседлости и учёте в церковных и гражданских книгах. Если сравнивать с однокоренными: Акубаев (с основой на «бай» — богач) и Акубеков различаются значением второго компонента — «бек» подчёркивает власть, а «бай» — богатство.