Фамилия Акубова — типичный пример того, как восточное имя обрастало русским фамильным суффиксом. Её основа — мужское личное имя Акуб, фонетический вариант библейского Якуб (Иаков). В тюркских языках начальный «й» часто переходит в «а» или выпадает, поэтому Якуб превращался в Акуб, Акып, Агоп и другие формы. Суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность к роду: Акубова — это «дочь или жена Акуба», а в более широком смысле — «потомок Якуба».

Фамилия бытует в двух основных регионах: на Северном Кавказе (Кабардино-Балкария, Карачаево-Черкесия) и в Поволжье (Татарстан, Башкортостан). На Кавказе она могла закрепиться в форме Акубов (с ударением на второй слог) у адыгских или тюркских народов — имя Якуб через арабское посредничество (пророк Якуб в исламе) было там распространено задолго до русских метрик. В Поволжье фамилия чаще встречается у татар-мишарей и крещёных татар: форма Акуб фиксируется в старых переписных книгах.

Словообразовательная модель проста, но показательна. В отличие от русских фамилий, где суффикс -ов/-ев часто присоединялся к прозвищу или профессии (Кузнецов), здесь он стоит на антропониме — личном имени. Это сближает Акубову с такими фамилиями, как Абдулов, Ибрагимов, Нагиев, где основа — восточное имя. Фамилии на -ов/-ев, образованные от полных форм имени, типичны для народов, испытавших влияние русской административной системы в XIX веке.

Споров вокруг происхождения почти нет: версия с именем Якуб — основная и непротиворечивая. Иногда пытаются связать фамилию с адыгским словом «акъуб» (нечто круглое, холм) или с арабским «акуб» (последствие, результат), но эти гипотезы слабы: они не объясняют суффикс и не подтверждаются топонимикой. География фамилии уверенно указывает на имя, а не на нарицательное слово.

Социальный состав носителей был пёстрым: в татарской среде это могли быть и крестьяне, и купцы, и муллы; на Кавказе — уздени (свободные общинники) или княжеские роды, если фамилия древняя. Точных данных по сословной принадлежности Акубовых в открытых источниках нет — фамилия не из числа самых частых, поэтому массовых генеалогических списков по ней не публиковалось.