Фамилия Акуба — редкий случай, когда основа читается как чистое прозвище, а не как имя или профессия. В ней нет типичного русского суффикса принадлежности -ов или -ин, что сразу указывает на нестандартное происхождение. Самая вероятная версия: фамилия восходит к украинскому или южнорусскому диалектному слову «акуба» — так в некоторых говорах называли человека с большой, оттопыренной губой или с кривым ртом. Прозвище давали по заметной внешней черте, и оно закрепилось за родом в неизменной форме.

Менее распространённая гипотеза выводит Акуба из тюркских языков, где корень «ак» означает «белый», а «уба» — «дом, жилище». В этой версии прозвище могло означать «живущий в белом доме» или «хозяин белого шатра», что характерно для кочевых народов Причерноморья. Однако для славянской ономастики такое прямое заимствование без адаптации суффиксом — редкость, поэтому версия с диалектным прозвищем выглядит убедительнее.

Географически фамилия встречается в основном на западе и юге России, а также в восточных областях Украины. В XIX веке носители фамилии Акуба чаще всего были крестьянами или казаками, и прозвище могло передаваться как фамильное, не меняясь при переписях. В отличие от множества фамилий на -ов, эта сохранила исходную форму без патронимического окончания, что делает её похожей на старые украинские прозвищные фамилии вроде Голота или Непийвода.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Акуба стоит особняком. Встречаются единичные варианты Акубов и Акубин, но они явно вторичны — их создали при русификации в советских паспортных столах. Исходная же форма Акуба — прямое свидетельство того, что предок нёс это прозвище как личное имя, и оно не нуждалось в дополнительных суффиксах.