Фамилия Акубаева — женская форма, её мужской вариант Акубаев. В основе лежит тюркское двусоставное имя Акубай. Первая часть «ак» означает «белый», «чистый» или «светлый», вторая — «бай» («богатый», «господин», «хозяин»). Смысл имени — «светлый (чистый) господин» или «белый богач». Имена с компонентом «бай» у тюркских народов были пожеланием богатства и благополучия, поэтому Акубай — типичный пример такого имянаречения.

По модели образования фамилия относится к патронимическим на -ев/-ов. В русской среде суффикс закреплял отчество: «чей?» — Акубаев, то есть сын Акубая. В тюркских языках такие фамилии возникали при русификации, когда к имени отца добавляли русский суффикс принадлежности. Женская форма Акубаева — естественное грамматическое продолжение.

Географически фамилия встречается преимущественно у народов Северного Кавказа и Поволжья: ногайцев, кумыков, татар. Есть носители и среди казахов — имя Акубай у них фиксируется, но фамилия с русским окончанием стала результатом более поздней адаптации в документах. В дореволюционных записях встречается написание через «о» — Окубаев, что отражает диалектное произношение.

Существует спорная версия, что первую часть имени могли осмыслять как «акъ» — стрела. Тогда Акубай — «стрела-господин» или «меткий стрелок». Однако большинство ономастов склоняются к корню «ак» в значении «белый», так как это более распространённый тюркский компонент в личных именах.