Фамилия Алабугина — женская форма от Алабугин — образована от прозвища или нецерковного имени Алабуга. Самая частая версия связывает основу с киргизским словом «алабуга», то есть «форель». В таком случае прозвище мог получить рыбак, промышлявший ловом форели, — и фамилия указывает на занятие предка по мужской линии.

Есть и другие объяснения. Возможно, Алабуга — тюркское сложение из слов ala («пёстрый») и baş («голова»). Такое прозвище давали человеку с приметной внешностью: сединой, шрамом или просто необычным цветом волос. Третья версия выводит прозвище из диалектного «олабыш» — круглый хлебец из кислого теста. Тогда Алабугой могли назвать либо полного человека, либо булочника, торговавшего такой выпечкой. Эта гипотеза менее убедительна: в ней больше фонетического сходства, чем прямых документальных подтверждений.

Фамилия строится по стандартной русской модели: к основе Алабуг- прибавляется суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство («чей?» — Алабугин сын, дочь Алабугина). Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я.

Точное место и время возникновения фамилии Алабугина без генеалогического исследования назвать сложно. Но её тюркская основа и русский суффикс говорят о том, что предки носителей жили в зоне активных контактов славян и тюркских народов — скорее всего, в Поволжье, Приуралье или на юге Сибири.