Фамилия Алатырцева образована от прозвища Алатырец, которое восходит к диалектному нарицательному «алатырь», имеющему несколько значений: «немой», «косноязычный», «своевольный», «повеса», «хитрец», «пройдоха». Очевидно, такое прозвище носило иронический характер и указывало на отрицательные качества его обладателя. Однако, Алатырцем могли прозвать и жителя города Алатыря в Чувашии. В славянской мифологии известен чудесный Алатырь-камень, который лежит на острове Буяне. Этот камень упал с неба и на нем были начертаны письмена с законами бога Сварога. Из-под Алатырь-камня текут ручьи живой воды, на него садится красна девица Заря, прежде чем расстелить по небу розовую фату. Существует версия, по которой в основе топонима лежит тюркское «ала» - «пестрый» и «тура» - «жилище, город», но она маловероятна. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Алатырец, со временем получил фамилию Алатырцева.