Фамилия Алатырцева — это женская форма фамилии Алатырцев, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем Алатырец. Сама модель образования (суффикс -ев при основе на -ец) указывает на то, что фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного: «чей?» — Алатырцев, то есть сын или потомок Алатырца.

Прозвище Алатырец могло возникнуть двумя разными путями. Первый — прозвищный, от диалектного слова «алатырь». В русских говорах у него целый веер значений: «немой», «косноязычный», но также «своевольный», «повеса», «хитрец» и даже «пройдоха». Такое прозвище носило иронический или укоризненный оттенок — так могли назвать человека с неугомонным или нечистым на руку характером.

Второй, более прозрачный путь — географический. Алатырцем могли прозвать жителя города Алатырь в Чувашии, а также выходца с реки Алатырь. Эта версия не менее вероятна: прозвища по месту жительства давались очень часто, а суффикс -ец как раз и образует названия жителей («алатырец» — житель Алатыря). Кстати, сам топоним, скорее всего, имеет тюркские корни: от «ала» — «пёстрый» и «тура» — «жилище, город». Версия о связи с мифическим Алатырь-камнем из славянских заговоров, который лежит на острове Буяне, красива, но для происхождения фамилии она вторична — скорее, слово «алатырь» имело хождение в народной речи, а уже из него родилось прозвище.

Таким образом, фамилия Алатырцева может указывать либо на предка с острым языком и неспокойным нравом, либо на человека, чей род происходил из старинного города на Суре.