Фамилия Алаторцева образована от прозвища Алаторец. В русских говорах алаторцем называли человека своевольного, хитреца и пройдоху — так что прозвище указывало на характер. Однако это не единственная версия.

Слово «Алаторец» могло означать и жителя города Алатырь в Чувашии. Топоним «Алатырь» в свою очередь связан с легендарным Алатырь-камнем из славянской мифологии. По преданиям, этот камень упал с неба на остров Буян, на нём были начертаны законы бога Сварога, а из-под него били ключи живой воды. В народном сознании образ камня был настолько силён, что название города и прозвище переселенцев из него могли переплестись с диалектным словом.

Существует и тюркская гипотеза: «ала» — «пёстрый», «тура» — «жилище, город». Но она маловероятна: для фамилии, бытующей в русской среде, связь с говорами и фольклором гораздо естественнее.

Фамилия образована по стандартной модели: прозвище Алаторец → притяжательное прилагательное Алаторцев (чей сын?) → фамилия Алаторцева. Суффикс -ев указывает на принадлежность к роду человека по прозвищу. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Ала́торцева.

Среди однокоренных фамилий — Алаторцев, Алатырцев. Первая — прямая мужская параллель, вторая закрепляет связь с городом Алатырь без мифологического подтекста.