Фамилия Алатарцев образована от прозвища Алатарец, которое давали человеку, жившему в городе Алатырь (старинное название — Алатарь) или на берегу одноимённой реки. Первое упоминание Алатыря в русских летописях относится к 1552 году, хотя, по мнению некоторых исследователей, поселение на этом месте существовало и раньше. Так что предок носителя этой фамилии был выходцем с берегов Суры, где стоит Алатырь, — коренным горожанином или переселенцем, которого на новом месте прозвали по прежнему месту жительства.

Само название города и реки, скорее всего, тюркского происхождения: от «ала» — «белый» и чувашского «тар» — «камень». То есть Алатырь — «белый камень». В славянской мифологии «алатырь» — это чудодейственный камень, способный лечить и творить чудеса, но в основе географического названия лежит именно тюркская лексика, а не фольклорный образ.

Модель образования фамилии прозрачна: суффикс -ев присоединился к основе Алатарец (чередование ц/ч перед суффиксом дало форму Алатарцев). Такая схема типична для фамилий, указывающих на выходца из конкретного места: Москвичев, Тверитинов, Алатарцев. В отличие от распространённых -ов/-ев, здесь основа не имя и не профессия, а топоним, что сразу сужает круг поисков — предки почти наверняка были связаны с городом Алатырь.