Фамилия Алаярова — женская форма фамилии Алаяров. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант, от которого она образована. В основе фамилии лежит тюркское мужское имя Алаяр, что в переводе означает «пёстрый друг» или «пёстрый возлюбленный» (от тюркских корней «ала» — пёстрый, разноцветный и «яр» — друг, любимый, близкий человек). Такие имена давали детям, чтобы защитить их от сглаза или подчеркнуть особенность внешности.

Фамилия образована по распространённой в тюркских языках модели с помощью патронимического суффикса -ов/-ев, который указывает на принадлежность к роду: Алаяров буквально значит «сын Алаяра». В русской традиции фамилии на -ов/-ев стали закрепляться за нерусскими народами Поволжья, Урала и Кавказа в ходе переписей населения и паспортизации XVIII–XIX веков. Поэтому Алаяровы — это, скорее всего, потомки татар, башкир или представителей других тюркоязычных народов, у которых личное имя Алаяр было в ходу.

Встречается фамилия в основном в регионах с компактным проживанием татар и башкир — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Вариант с ударением на последний слог (Алаяро́ва) может указывать на сохранение тюркского произношения, а с ударением на третий слог (Алая́рова) — на адаптацию к русской фонетике. Встречается также написание Алеярова, что связано с диалектным произношением имени Алаяр как «Аляй» или «Алей».

Сословная принадлежность предков могла быть разной: от крестьян до служилых татар, так как имя Алаяр не было строго аристократическим. В отличие от многих русских фамилий, у Алаяровых нет связи с ремеслом или прозвищем — это чисто отчество, «застывшее» в фамилии. Единственный спорный момент: некоторые исследователи связывают основу с арабским «ала» (высокий, возвышенный), но это менее вероятно, так как имя Алаяр — исконно тюркское, а не заимствованное из исламской традиции.