Фамилия Алдакимов образована от личного имени Алдаким, которое, скорее всего, сложилось из двух тюркских основ. Первая часть — Алдан, что значит «первенец». Вторая часть — Аким, восходящая к арабскому корню со значением «знающий», «мудрый», «правитель». Таким образом, имя Алдаким могло означать «мудрый первенец» или «главный (первый) правитель» — составные имена с похожей семантикой встречаются у разных тюркских народов.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русского Севера и Поволжья. Суффикс -ов присоединился к основе Алдаким, образовав стандартное притяжательное прилагательное: «чей?» — Алдакимов, то есть сын, потомок Алдакима. Такая фамильная модель была самой распространённой в XVI–XVII веках среди всех сословий, но особенно часто её получали крестьяне и служилые люди при переходе от отчества к наследственной фамилии.

Фамилия довольно редкая. Её ареал тяготеет к регионам, где издавна соседствовали русские и тюркские народы: Поволжье, Приуралье, отчасти Сибирь. В старых писцовых книгах и ревизских сказках упоминания Алдакимовых встречаются в основном среди крестьянского и мещанского сословия. Дворянских родов с такой фамилией в «Гербовнике» нет — это фамилия народная, бытовая.

В написании возможны варианты: Алдакимов, реже Алдакымов (с буквой «ы» под влиянием тюркского произношения). Встречается и усечённая форма Алдаков, но это уже другая фамилия, хотя корень у них, вероятно, общий.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Алдакимов стоит в одном ряду с Алдановыми, Алдашевыми, Акимовыми. Разница в том, что у Алдакимовых сложное двукоренное имя-основа, а не одно простое прозвище. Это делает фамилию более редкой и географически привязанной именно к зоне тюркско-русского языкового контакта.