Фамилия Алдакова — женская форма фамилии Алдаков. В её основе лежит мужское личное имя Алдак. Чаще всего это имя рассматривают как производную форму календарного имени Евдоким, что в переводе с греческого означает «славный». Имя Евдоким было общеупотребительным в средние века: его давали при крещении (в частности, память святого приходится на 13 августа), а также нередко нарекали им мужчин при пострижении в монахи. Путь от Евдокима до Алдака выглядит как цепочка упрощений: Евдоким — Евдак — Авдак — Алдак.

Существует и другая версия, менее популярная в ономастике, но имеющая право на рассмотрение: имя Алдак может восходить к древнетюркскому корню со значением «обман, ложь». Однако в русской традиции более убедительной выглядит связь с греческим Евдокимом, поскольку фамилия бытует в регионах с преимущественно русским и христианским населением.

Фамилия не относится к числу распространённых, но её носители встречаются в документах разных областей. Например, в Чувашии известен Иосиф Тимофеевич Алдаков, родившийся в 1893 году в деревне Санкино Красночетайского района. Этот факт подтверждает, что фамилия закрепилась в крестьянской среде Поволжья. Суффикс -ов в основе Алдаков указывает на стандартную модель русских фамилий: потомок Алдака — Алдаков, а его дочь или жена — Алдакова.