Фамилия Алдыков — редкий случай, когда географический и языковой ареал почти не оставляет сомнений в происхождении. Она образована по самой распространённой в России модели: к основе добавили суффикс -ов, получив типичное притяжательное прилагательное («чей?» — Алдыков), которое затем закрепилось как фамилия. Но вот с основой «Алдык» всё интереснее.

Скорее всего, в основе лежит тюркское мужское имя Алдык. В языках тюркской группы (татарском, башкирском, казахском, ногайском) корень «ал-» означает «брать, взять», а аффикс -дык придаёт значение результата или свойства. Имя Алдык могло означать «взятый», «приобретённый» или, в переносном смысле, «добытый» — например, так называли долгожданного, вымоленного ребёнка, которого «взяли» у судьбы или у Бога. Встречается и вариант, что Алдык — это форма имени Алдыш, где суффикс -ыш указывает на взаимное действие, то есть «тот, кто берёт и отдаёт», «посредник».

Менее вероятно, что фамилия происходит от прозвища Алдык, связанного с тюркским глаголом «алдау» (обманывать). В этом случае Алдык могло означать «обманщик» или «хитрец». Но в ономастике имя собственное всегда первичнее прозвища, если есть хоть какие-то параллели, а параллели есть: фамилии Алдыков встречаются у татар, башкир, кумыков, а также у калмыков (у них имя Алдык — «вожак», от «алд» — «впереди»). То, что фамилия не дворянская и не боярская, а вышла из крестьянской или казачьей среды, подтверждается её географией: она встречается в Астраханской области, в Ставрополье, в Калмыкии и на Северном Кавказе — в местах, где веками жили тюркоязычные народы и казаки, смешанные с ними.

Есть и совсем локальная версия, связанная с топонимом. В Калмыкии есть посёлок Алдын-Булук, а на Северном Кавказе — река Алдык. Но от названия реки или села фамилия образовалась бы как Алдыкский, а не Алдыков, так что эта гипотеза слабее.

Таким образом, предки современных носителей фамилии Алдыков — скорее всего, тюркского происхождения, и их родоначальника звали Алдык. Жил он, вероятно, в XVI–XVIII веках где-то в прикаспийских степях или в предгорьях Кавказа, а его потомки, переходя на русский язык и в русскую административную систему, получили фамилию по отцу.