Фамилия Алексиенко образована от имени Алексий — так в русской традиции звучала церковная форма имени Алексей. С древнегреческого «алексис» переводится как «защитник», «заступник», «оберегающий». На Руси имя было широко распространено, в первую очередь благодаря святому Алексию, митрополиту Московскому, почитавшемуся как заступник и чудотворец. В народе верили: назвать ребёнка в честь святого или великомученика — значит подарить ему светлую долю и способность легко преодолевать трудности. Фамилия, таким образом, буквально понималась как «сын Алексия» (или «потомок Алексия»).

Модель образования фамилии — украинская по происхождению: суффикс -енко (в белорусском варианте — -ёнка) указывал на родство, чаще всего по отцу. В XVII–XVIII веках такие фамилии были особенно типичны для Левобережной Украины, Запорожья и южных земель Российской империи. Если носитель фамилии жил в центральной России, суффикс могли заменить на -ов или -ев (Алексеев), но на юге и востоке Украины форма Алексиенко закрепилась прочно.

Интересная деталь: в старых документах встречаются варианты написания — Алексеенко, Алексиенко, Олексиенко. Последний вариант отражает характерное украинское «иканье» (переход «е» в «и» в безударной позиции). В метрических книгах XIX века одну и ту же семью могли записывать по-разному, пока в советское время написание не унифицировали.

Сословно фамилия не была закреплена за дворянством: большинство Алексиенко — потомки крестьян, казаков или мещан. Однако в реестрах Запорожского войска XVII века упоминаются казаки с этой фамилией, что говорит о возможной связи с военно-служилым сословием. Сегодня фамилия распространена по всей Украине, а также в южных областях России и среди украинской диаспоры.