Фамилия Алепенков образована по самой распространённой в русском языке модели — от прозвища или имени с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Алепенков, то есть сын или потомок Алепенка. Суффикс -енк- в основе — уменьшительный, характерный для украинских и южнорусских говоров, где он означал «маленький» или «молодой». Таким образом, Алепенко — это уменьшительная форма от какого-то имени или прозвища.

Корень Алеп- неочевиден. Самое вероятное объяснение — это вариант имени Алеп, которое могло быть народной формой крестильного имени Алипий (греч. «беспечальный») или, реже, Евлампий («светящийся»). В русских говорах имена часто усекались и упрощались: Алипий — Алёпа — Алепенко. Менее вероятна связь с топонимом — сирийским городом Алеппо: для русского крестьянского прозвища это слишком экзотично, хотя полностью исключать прозвище по месту торговли или паломничества нельзя.

Фамилия Алепенков — сравнительно редкая. Она фиксируется в основном в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской и Ростовской, что косвенно подтверждает её украинско-южнорусское происхождение: суффикс -енко в таких фамилиях со временем «обрусел» до -енков.

Предок носителя фамилии, скорее всего, был простым человеком — крестьянином или ремесленником, которого в быту звали уменьшительно Алепенко, то есть «маленький Алеп» или «сын Алепа». Полное имя Алеп в документах XVII–XVIII веков встречается как просторечная форма Алипия, так что фамилия может восходить к церковному имени, но через народный обиход, без книжной фиксации.