Фамилия Алепенков — продукт двух распространённых, но нечасто встречающихся вместе словообразовательных механизмов. Основа фамилии — уменьшительная форма Алепенко, типичная для украинской и южнорусской традиции (суффикс -енк- со значением «маленький», «молодой» или «сын»). А уже от неё русский патронимический суффикс -ов сделал фамилию, отвечающую на вопрос «чей?»: Алепенков — потомок Алепенка. Такая двойная обработка — редкий случай, когда украинская модель обрусела через добавление суффикса принадлежности, а не через замену окончания.

Корень Алеп- неочевиден, и это главная загадка фамилии. Самая надёжная версия — народная форма крестильного имени Алипий (греч. «беспечальный»). В русских говорах это имя часто усекали до Алёпа, а затем добавляли ласкательный суффикс: Алёпа → Алепенко. Менее вероятна, но возможна связь с редким именем Евлампий («светящийся»), которое тоже могло сократиться до Лампа или Алеп. Топонимическая версия — от сирийского города Алеппо — для русского крестьянского прозвища экзотична, но полностью исключать её нельзя: прозвище могли дать торговцу, побывавшему в тех краях, или паломнику.

Фамилия фиксируется в основном в Воронежской и Ростовской областях — это косвенно подтверждает её южнорусские корни. В документах XVII–XVIII веков имя Алеп изредка встречается как просторечная форма Алипия, но без книжной фиксации. Предок носителя фамилии, скорее всего, был крестьянином или ремесленником, которого в быту звали уменьшительно Алепенко — то есть «маленький Алеп» или «сын Алепа». Фамилия редкая, и её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких близких родов, разошедшихся по центральным и южным областям.